Jesteś pewny że używasz limitera? FL Limiter to także kompresor i tylko w tym trybie działa sidechain, w trybie limitera nie można ustawić innego sygnału, byłoby to też bez sensu ponieważ nie można by ustawić parametru ratio. Teoretycznie kompresor i limiter są tym samym urządzeniem z tą różnicą że limiter ma bardzo wysokie ratio, przyjmuje się że powyżej 10:1 kompresor staje się limiterem, brickwall limitery mają ratio ustawione na nieskończoność przez co nieprzepuszczą nic poza ustawiony threshold.
Twoja obawa wynika z niewiedzy, także spokojnie, nie robisz nic złego. Nie wpływa to także na jakość ponieważ jedyne co robisz to kontrolujesz głośność automatycznie innym sygnałem, nie ma innej modyfikacji sygnału jeżeli nie ustawisz parametru saturacji. Zapoznaj się z podstawowymi narzędziami i ich rodzajami jakie spotykamy w świecie audio, czytaj też instrukcje każdej wtyczki z jakiej korzystasz, inaczej praca z nimi nie ma sensu, w tym przypadku będzie to manual do FL Studio i jego wtyczek.